联系电话

400-102-9559

Title
打开微信“扫一扫”
打开网页后点击屏幕
右上角“分享”按钮

不会写代码能做火山图吗?当然可以,而且很简单!

小雨 2019-03-14 19:00:01

阅读(49)

点赞(0)

收藏(0)

作为一个只做湿实验的生物汪,拿到公司给的 RNA-Seq 分析结果时是开心的,然而感觉离 published figure 差一点点,作为精益求精的汪必需要亲自上手。

求教了一下会生信的同学,他说:「R 就可以作图。」

「我不会,我也不想学啊!」

他又说:Excel 就可以作图,散点图即可。

哇,既然是散点图,那 GraphPad Prism 就可以做啊!于是我开始了新一轮的用 GraphPad Prism 做火山图的探索(想练手的可以去 GEO 数据库里下载别人发表的数据来一起探索,我就用自己的数据来做示范)。

作图前,我们先有点预期,了解一下火山图该有的模样(大致如下,我们就拿它当模板吧)


341.jpg


既然要做图就要有参数。瞅一眼横纵坐标,心中了然,要做图需要两个参数:差倍数及 P 值(或 FDR,或 Padj 值)。在 RNA-Seq 的数据表格中拎出这两组参数(另外,请把 genename 也一道拎出来,后续有用)


1. 作图前的数据预处理

在做火山图前,需要将所获得的基因表达的表格中对应的 P 值及差倍变化(FC,fold change)换算成”-log10P” 和 “log2FC”。

然后将基因名(symbol 或 GeneName)、 log2FC、-log10P 这三列参数单独拷贝到一个新的 excel 表格中备用 (如下图)。


342.jpg


2. Prism5 处理数据

a. 打开 Prism,新建一个 XY 模式的文件(如下图),选择 “Y: Enter and plot a single Y value for each point” 并点击最下角的 “Create”。


343.jpg


b. 将数据粘贴到表格中(如下图)。


344.jpg


c. 粘贴后将 X,Y 的表头改成比较规范的全称(这些表头将出现在未来的图中,也可以直接去 “Graphs” 中修改图中的 X,Y 的 title)


345.jpg


并将 log 的底改成脚标

111111.jpg


在 Text 里可以修改文字格式,角标 / 脚标 / 斜体等等,然后输入后得到下图。


346.jpg


d. 数据输入完成后 Prism 会自动生成一个 Graph


347.jpg


看起来有点火山图的样子了,但是参照一下模板,还差一点点。


3. 细节处理 ——X,Y 轴调整

双击图片的 X 轴或 Y 轴,调出 XY 轴的参数。


348.jpg


a. 在「Frame and Origin-Frame and Grid Line-Frame style的下拉框中选择Plain Frame即可将 X-Y 轴去掉,变成边框

点击 Apply (或 OK 键)后会得到以下图。我们点击 Apply 即可。(如果点击 OK,需要再次双击 X,Y 方可调出参数栏)


349.jpg


b. 如果散点不够连续,如上图在 Y=30-60 之间并没有散点。那么我们将这个 Y 轴变成不连续的两截会让整个图看起来更紧凑美观。


350.jpg


在 Left Y axis 中将 Y 轴变成两部分:点击「Two segments」,在 Segment Bottom 调节相关参数。

比如我们的散点都分布在 35 一下,那么我们将 Y 轴大部分「70% of axis」的最大值定为 35。图变成这样了。(对应的 Top 部分的参数也会改变,但是我们还需要再自行调节一下)


351.jpg


以此类推!再调节上半部分,点击点击「Two segments」,在 Segment Top 调节相关参数。因为上半部分的散点较少,我们适当减少 Y 的距离。我们将 Y 轴大部分 “30% of axis” 的最小值定成 70,最大值定为 90,间距变成 10。


352.jpg

353.jpg


c. 调节 X 轴,让图看起来更对称。

如图在 X-axis 中点击去掉自动调节的勾选,这样可以自己调节 X 轴的最大值和最小值(总之你要根据你自己的数据灵活调节好 X-Y 轴的各种参数)。


354.jpg

355.jpg


4. 细节处理 —— 散点处理

双击图片,调出 Graph 的参数界面。在 symbols 中将点的大小改为 1,让每一个点都显示出来(不要堆叠),点击 Apply。


356.jpg

357.jpg


5. 特殊的点的标记

a. 画一条 P=0.05 的分界线(在 Details 中调节这条线的各种参数,如颜色粗细类型)


358.jpg

359.jpg


并将 P 值小于 0.05 的点变成浅灰色,将 P 值大于 0.05 的点变成深灰色。你可以点击没有给散点分别命名每个点的颜色。当然这是不可取的。

我们在原始表格里。框选所有 P<0.05 的点,点击右键,如图,将这些点的颜色改变。依此,把 P>0.05 的点的颜色也改变。


360.jpg

361.jpg


如图,红线 P=0.05 以下和以上的散点就用颜色区分开了。



6. 特殊点的颜色修改

在某个点上点击鼠标右键,(如图)给想要标记的 symbol 标记不同的颜色。

也可以通过右键选择「Show Row Title」(这就是为什么当初让大家留下 gene name 的参数) 这样可以更直观地表现某个基因在整个表中的位置。


362.jpg

364.jpg


这样我们的 RNA-Seq 火山图就做好了。大家可以自己再调整各种参数,直至满意。

来源:生物学霸

版权声明

本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的,且明确注明来源和作者,不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。

扫码分享:

如果您有科研方面的困扰,发布需求让我们帮您解决吧发布需求

您可能想看

  • 颠覆你的想象!首届智博会发布“黑科技”创新产品

    首届中国国际智能产业博览会23日在此间开幕。一批具有人性化的“黑科技”亮相展会,颠覆人们的想象。

    2018-08-28 12:15:30 阅读(772) 创新创业 智博会 黑科技 意念假肢 电子皮肤 癌症早筛 AI 中科院 浙江大学 腾讯 科大讯飞 翻译机 新能源 汽车 清华大学 石墨烯 阿里云 纳米 机器人

  • 重磅:2018世界大学学术排名最新出炉

    2018年8月15日, 2018软科世界大学学术排名于今日正式发布。

    2018-08-16 10:55:57 阅读(757) 排名 世界大学 学术 2018 清华大学 北京大学 浙江大学 西北工业大学 北京理工大学 重庆大学 南京工业大学 南京信息工程大学 上海大学 北京科技大学

  • 2018年未来科学大奖揭晓,袁隆平等7位顶尖科学家获奖!

    9月8日,第三届未来科学大奖颁奖典礼在北京举行。李家洋、袁隆平、张启发获得“生命科学奖”,马大为、周其林、冯小明分获物质科学大奖,林本坚获数学与计算机科学大奖。

    2018-09-12 10:55:34 阅读(454) 未来科学 颁奖 李家洋 袁隆平 张启发 马大为 周其林 冯小明 林本坚 科学家 生命科学奖 物质科学奖 数学与计算机科学奖

  • 重磅:2018年国家优青获得者出炉!

    今天 (8月17日) ,2018年国家自然科学基金评审结果正式揭晓。国家自然科学基金委发布的公告表示,今年决定资助优秀青年科学基金项目400项。

    2018-08-17 11:52:33 阅读(3034) 优秀青年 国家自然科学基金 评审 公告 清华大学 浙江大学 中国科学技术大学 北京航空航天大学 北京大学 复旦大学 南京大学 中山大学 2018年

  • 《细胞》子刊:膳食纤维被夸错了?科学家发现,十字花科蔬菜防癌可能是另一种关键物质在起效 | 科学大发现

    最新的一项研究显示,在保护肠道健康环境、远离结直肠癌上,膳食纤维很可能是冒领了别人的功劳!

    2018-08-31 18:23:47 阅读(520) 膳食纤维 《细胞》 十字花科 蔬菜 防癌 关键物质 直肠癌 肠道 健康 吲哚类物质 肿瘤

Copyright 2015-2017 人人实验(北京)科技有限公司 All Rights Reserved 京ICP备15058824