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    单细胞数据分析不用愁！寻因生物SeekSoul Online云平台一键解锁「生信自由」

    2025-08-14 09:27:07

    阅读(3287)

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      你是否也曾在单细胞数据分析中陷入困境？拿到海量数据却因生信基础薄弱而束手无策，看着复杂的代码望而却步，或是在不同分析工具间反复切换，耗费大量时间却难获精准结果？

      正是洞察到科研人员的这些痛点，寻因生物历时两年打造了SeekSoul Online云平台（以下简称“云平台”）。该平台专为科研人员减负，无需生信基础，零代码操作让非专业人士也能上手；告别繁琐代码学习，通过选择参数提交任务，就能完成标准及高级分析；覆盖全套流程，避免工具切换的麻烦，且分析结果与代码执行高度一致，还能直接生成规范清晰、符合发文要求的图表。云平台的开发大幅降低分析门槛，节省时间精力，助力老师专注科学问题；为疾病机制探索等多领域提供深度解决方案，助力高水平文章发表，加速科研进程。下面让我们一起揭开云平台的神秘面纱吧！



      云平台基本介绍

    Part.1

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      SeekSoul Online云平台（https://seeksoul.online/index.html#/login）可进行单细胞3’转录组、单细胞5’转录组、单细胞空间组学、单细胞ATAC多组学等多种单细胞产品分析内容。只需一键操作，即可轻松完成从数据上传到结果输出的完整生物信息学分析流程。平台自动化处理每个分析步骤，快速高效。分析完成后，可出具精美分析图形和可视化报告，并可根据个性化需求调整参数，进行专属化分析。

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      数据上传/寻因授权

    Part.2

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      在科学研究中，数据的开放共享和整合分析至关重要。对于寻因生物检测的数据，可以直接在云平台的资源总览中查找并分析；对于非寻因生物的数据，云平台也提供了开放端口，可以将标注分析结果或者单样本数据上传至云平台，用于进行后续的分析操作。

      云平台中数据也可以进行分享，便于多方协作，方便管理、提升效率。

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      分析内容

    Part.3

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      云平台提供全链条的单细胞组学和空间组学自主分析，用户可独立完成以下分析：

      ‣ 基础分析：基础分析是分析流程的初始模块，可进行基因、线粒体过滤、去批次整合聚类，保留质量合格的细胞用于后续分析。

      ‣ 细胞注释：该模块可分析展示细胞注释前后的降维图、cluster差异基因列表及top基因的可视化结果，并可分别对多组聚类结果进行自动注释（singleR算法）和手动注释。

      ‣ 画图工具：配备添加多条件标签的功能，可以用它绘制各种图表，包括小提琴图、降维图、FeaturePlot、DotPlot、堆叠柱状图和饼图等。无论是展示特定基因或细胞类型的表达模式，还是探索数据分布，这些图表都能提供直观的可视化效果，助力用户更好地理解数据并进行进一步分析和解释。

      ‣ 特征分析：根据寻因预制特征基因集和自定义基因集进行打分分析，评估基因表达数据中的重要特征及相关性。

      ‣ 差异富集：筛选在不同分组条件下、不同细胞类群中具有表达差异的基因，并进行功能富集分析。主要操作分为比较方案的建立和结果内容的调整。

      ‣ 亚群分析：可以按照自定义规则（与“画图工具”中规则一致），将感兴趣的细胞类群进行提取和存储，灵活筛选目标细胞群体，进一步进行深入分析。

      ‣ 高级分析：该部分可以通过设置相应参数，便捷地进行单细胞数据的细胞通讯分析（cellphonedb、CellChat、NicheNet、stlearn、CellChat_spatial、COMMOT、NicheNet_spatial）、拟时序分析（monocle2、monocle3、CytoTRACE、scVelo、ATAC_Monocle3、）、拷贝数变异分析（infercnv、copyKAT、CopyscAT、ataCNV、epiAneufinder）、调控网络分析（scenic、hdWGCNA）差异富集分析（DiffEnrich、group_diffenrich）、代谢分析（scMetabolism）、基因集打分分析（GSVA、scoring）、扰动分析（Augur）、TCR分析（TCR）、BCR分析（BCR）、可变剪切分析（rMATS）、融合基因分析（Fusion、LncCoExpression）、突变分析（mut）、lncRNA与基因共表达分析（LncCoExpression）、生态位分析（CellCharter）、共定位分析（SpaGene、MISTY）、差异peak分析（ATAC_DiffEnrich）、基因活力分析（GeneActivity）、Peak-Gene Links分析（ATAC_Peak2Gene）等高级分析

      无需编写代码，无需漫长等待，只需在云平台中简单点选相应参数，即可轻松获取专业级的图表与交互式报告，让复杂的生物信息学分析触手可及。

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      参数模板

    Part.4


      云平台配置了默认模板，包含所有分析的相关参数和颜色配置，共六个板块（过滤、整合、聚类、差异分析、富集分析和配色方案）。如需调整参数，可以复制该模板，在复制模板基础上根据实际需求进行个性化调整。

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      学习天地

    Part.5

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      为了让用户更好的使用云平台，在平台上搭载了学习天地模块，汇集使用教程、参数模板、FQA与AI客服（寻小因）等内容，帮助用户快速熟悉平台功能、操作流程，提升使用技能，助力开展单细胞数据管理、分析等工作，降低使用门槛，让用户更好发挥云平台价值，促进科学研究高效推进。

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      云平台内容丰富多样，涵盖从数据上传、基础分析到高级分析的各个环节，内容详实而全面。然而，对于初次接触者而言，难免会感到些许迷茫。请无需担忧！我们精心整理了单细胞数据分析逻辑图，清晰梳理了单细胞数据分析的全路径，展示了云平台各模块对应的分析环节，并使用不同颜色区分多组学内容。跟随这张图，您可以轻松理清分析逻辑，按流程选择参数、提交任务，一步步完成单细胞数据分析，解锁数据价值，让复杂的分析过程变得清晰可依。

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      结语：


      总结来说，云平台凭借其操作便捷、功能强大、结果可靠等优势，极大降低了单细胞数据分析门槛，节省科研时间与精力，助力科研人员聚焦核心科学问题，加速科研进程，为疾病机制探索、生物靶标挖掘等多领域研究提供全方位深层次支持，是科研路上不可或缺的得力助手 。

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    来源：寻因生物SeeKGene公众号（寻因生物）

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